《马达加斯加的企鹅（粤语版）》的故事发生在为了庆祝小伙伴菜鸟的生日，老大带领菜鸟、科斯基和瑞哥悄悄进入美国黄金储备中心，目的是找到唯一的炸薯条贩卖机。然而，他们却被贩卖机吞进一个神秘的地方。在那里，四只企鹅碰到了伪装成科学家的章鱼戴夫。原来，戴夫曾是动物园的明星，但看到企鹅后，他陷入绝望，并开始研制报复企鹅的血清。企鹅们必须面对戴夫的威胁，展开一场生死对决。