《特搜9 第五季》的故事情节围绕着一系列枪击案展开。一名警察失去了枪支并丧生，浅轮直树等特别搜查班成员开始调查这起案件。他们先是逮捕了一个有前科的男子，但随后又发生了第二起谋杀案。小宫山志保等人来到案发现场，发现被害者是一名厨师。目击者提供了戴面具男子的线索，随后一名员工被拘留。然而，第三起案件又再次发生。下一个受害者是黑市交易的男子，案发手法与前两起类似。监控录像拍到了戴面具男子的身影。直树灵感迸发，重返现场搜寻线索。紧接着，第四起案件也悄然而至。