《魔卡少女樱 剧场版》的故事发生在小樱（丹下樱 配音）购买文具时意外中了特等奖，赢得了一次去香港的旅行。这个惊喜让小樱非常兴奋。最终决定小樱、知世（岩男润子 配音）、桃矢（关智一 配音）和雪兔（绪方惠美 配音）四位一起前往香港游玩。抵达香港后，小樱察觉到一股奇怪的气息一直跟随着他们四人。在追赶的过程中，小樱偶遇了小狼（熊井素子 配音）和莓玲（野上尤加奈 配音）。小狼热情地邀请四人到家做客。在小狼家，小樱做了一个不寻常的梦，之后小狼的母亲进行了占卜，指出小樱强大的力量会吸引魔力，还告诉小樱要留意水的警告。梦中的预示似乎在暗示着什么，而这次香港之行似乎被某种力量所操控着…