五年过去，Amazon几乎销声匿迹，世界重归平静。然而，由Amazon细胞引发的感染仍在悄然蔓延，普通人正逐渐Amazon化。为此，政府秘密成立了新组织4C，专门清除这些异变的人类。在此背景下，自幼被Amazon抚养长大的少年千翼，化身假面骑士Amazon Neo投身战斗。但当他面对被天生食人冲动驱使的命运时，一位变身为乌鸦Amazon、作为生物兵器行动的少女优出现在他眼前——奇妙的是，千翼第一次对她未产生“捕食”欲望，反而深深被其吸引。