《海军罪案调查处 第三季》是一部讲述特工小组的动作剧集，这支小组属于五角大楼的特殊机构，负责调查任何一点迹象表明与海军及海军陆战队人员有关的犯罪案件，不论案件涉及人员的级别或职位如何。该小组的领导是NCIS特工Leroy Jethro Gibbs (由Mark Harmon饰演)，他是一位经验丰富的调查员和审问员，聪明、坚毅，愿意打破传统以完成任务。直接下属包括Anthony DiNozzo特工 (由Michael Weatherly饰演)，他曾是一名重案组探员，凭借丰富的调查经验展现出色的直觉。另一名成员是Kate Todd (由Sasha Alexander饰演)，一位美丽又坚强的前特勤处特工，曾经与Gibbs有过密切接触（见第一季第一集）。团队中还有技术分析员Abby Sciuto (由Pauley Perrette饰演)，是一位天才科学家，她的黑色幽默和哥特风格的服装相得益彰。新增成员Timothy McGee (由Sean Murray饰演)是麻省理工学院的毕业生，擅长电脑技术，在Gibbs领导的小组中担任实习特工。而在幕后默默支持他们的是法医Donald"Ducky" Mallard (由David McCallum饰演)，拥有丰富的知识和经验。无论是涉及谋杀、间谍活动还是恐怖袭击、盗窃潜艇，这些特工们为了调查与海军及海军陆战队有关的犯罪活动，跨越全球展开行动。