《怪兽8号 第二季》的故事仍然围绕着日比野卡夫卡的命运展开。在防卫队长官·四之宫功的决定下，卡夫卡避免了被利用为武器的命运，但却依然被囚禁。与此同时，第三部队的新成员们接到了调动命令，他们将前往各自新的任务部队。而在这个时候，第一部队的强大领袖·鸣海弦出现在了卡夫卡的面前。面对这位最强者，卡夫卡将会面临怎样的挑战？《怪兽8号 第二季》将继续探讨人类与怪兽之间的关系，以及围绕卡夫卡的命运所展开的故事。