在《剧场版物怪：唐伞》激斗落幕之后，卖药郎（神谷浩史 配音）再度现身，踏入风云暗涌的大奥内庭。名门之女大友牡丹（户松遥 配音）新任总管，以严苛手段整顿秩序，却与天皇（入野自由 配音）宠妃、资深花魁富贵（日笠阳子 配音）矛盾渐深。正值皇后有希子（种崎敦美 配音）所诞皇子择选监护人之际，富贵突遭巨变——她诞下被视为“不祥”的婴儿，成为重臣大友（堀内贤雄 配音）权谋中的牺牲品。男权倾轧下，掩盖与背叛逐渐失控。此时诡异事件频发：多人无故自燃，顷刻成灰。