在21世纪，地球恢复了以往的宁静，然而一颗陨石从宇宙坠落，其中蕴含着一个人工制造的时空囊。地球和平联盟TPC的GUTS小队通过研究时空囊得知地球即将面临重大灾难。与此同时，时空囊所预言的两只怪兽“哥路渣”和“米路巴”相继现身，GUTS小队根据预言开始寻找藏匿在金字塔内的三大巨人的遗体。这一系列事件将引发一场空前的战斗，唯有迪迦奥特曼能够挽救地球免于灭亡。