在三国乱世，战火不断。年轻的医者华佗在家乡亳州行医救民，过着自由自在的生活。他的医术让太守的女儿明心脱离生死边缘，声名鹊起，与明心结下了不解之缘。为了研制药物治愈明心的眼疾，华佗开始四处寻药。在都城，他和关羽、曹操、吴思德等人有了多次交集，见识了官场的险恶和社会的冷漠。最令他心碎的是，心爱的明心遭遇了吴思德的侵害。在东吴山中，绝望的华佗得到隐者的指点，有所觉悟，立志成为医治人心、拯救苍生的大医。在赤壁之战中，他治疗病患，历经危险。风雨飘摇，但他始终坚守拯救人民的初心。最终，他成功研制出药物，也与明心修成正果，然而幸福来临之际，曹操却因病、疑、恨将华佗抓走，这位行医救世的大医最终在囚牢中离世。